2034 рік нашої ери. Минуло два роки, відтоді як Мотоко Кусанаґі залишила Дев’ятий відділ. Тоґуса отримав підвищення до тактичного лідера групи, штат якої значно збільшився. Новий розширений Дев’ятий відділ стикається з безліччю складних інцидентів, а розслідування показують, що за всією низкою подій стоїть ультра-майстерний хакер на ім’я «Ляльковик». Серед усього Бато, який тишком розслідував справу по іншому шляху, стикається з Мотоко. Вона йде геть після того, як каже: «Тримайся якомога далі від Суспільства спаяного стану». Бато залишається зі своїми сумнівами на думці. Чи може Мотоко бути Ляльковиком? Серія інтригуючих інцидентів, з якими стикається Дев’ятий відділ, поступово пов’язуються один з одним. Хто такий Ляльковик? Що буде з відносинами між Бато та Мотоко? Яка правда за цим ретельно спланованим досконалим злочином? І яким буде результат? Таємниці оточують Суспільства спаяного стану…