Nick Fury fårvetskap om en hemlig invasion av jorden, utförd av en grupp formskiftande skruller. Fury tar hjälp av sina bundsförvanter, däribland Everett Ross, Maria Hill och skrullen Talos, som har skapat sig en tillvaro på jorden. Tillsammans ger de sig ut på en kapplöpning mot tiden för att förhindra skrullernas invasion och rädda mänskligheten.