Logan est sur les traces de dent de sabre dans les égouts de Bayville lorsqu'il est attaqué et capturé par un homme dénommé Trask et son équipe. Le Docteur Trask s'avère être un dangereux fanatique anti-mutants et emmène Wolverine dans un laboratoire secret. Ce-dernier doit combattre un robot gigantesque et surarmé appelé la Sentinelle. Pendant ce temps à l'institut, Xavier prépare ses X-Men à affronter Magneto.